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Nommé en 1977 substitut puis premier substitut près le tribunal de grande instance de Pontoise, Jean-Claude Marin a ensuite occupé les fonctions de chef du service juridique et de secrétaire général de la commission des marchés à terme de marchandises, de 1985 à février 1988. Premier substitut puis chef de la section financière du parquet de tribunal de grande instance de Paris, il est devenu, en janvier 1995, procureur de la République adjoint en charge de la division économique et financière et a contribué à la création du pôle financier auprès de cette juridiction. Nommé le 2 mai 2001, avocat général à la chambre criminelle de la Cour de cassation, puis Directeur des affaires criminelles et des grâces (DACG) au Ministère de la Justice en août 2002, il devient Procureur de la République de Paris de 2004 à 2011, avant d’occuper les fonctions de Procureur général près la Cour de cassation depuis le 16 septembre 2011. Président de la formation du Conseil supérieur de la magistrature compétente pour les magistrats du parquet, Procureur général en charge du Ministère public près la Cour de Justice de la République (CJR) et vice-président du conseil d’administration de l’Ecole nationale de la magistrature (ENM), Jean-Claude Marin est par ailleurs président du conseil d’administration de l’Etablissement public du Palais de justice de Paris (EPPJP) et membre du conseil d’administration de l’Agence Publique pour l’Immobilier de la Justice (APIJ). Ancien professeur associé à l’Université de Paris-Dauphine (Paris IX), il est chargé de conférence à l'Institut d'Etudes Politiques de Paris.
Jean-Claude Marin est Officier de la Légion d’Honneur, Officier dans l’Ordre National du Mérite, Chevalier des Palmes Académiques, Chevalier du Mérite agricole et a été décoré de l’ordre de San Raimundo de Penafort.